E-Fatura 'nın kullanımı ; hazırlanan E-Fatura önce kullanılan programdan gib (gelirler idaresi başkanlığı) e gönderilir . Gib'den faturanın kesildiği karşı alıcıya gider. Bu akış sırasında faturanın her teslimatında hatayı yada düzgün gittiğini bildiren bir kod yapısı vardır. E-Fatura 'nın her pozisyon değişiminde faturayı kesen taraf bu kodlarla bilgilendirilir. Bildirilen hataya göre göndericinin yapması gereken işlemler vardır. Ek de bulunan dökümanda E-Fatura'da Karşılaşılan hatanın ne olduğu ve ne yapılıması gerektiği anlatılmaktadır.